Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie jest uczelnią kościelną finansowaną na zasadach uczelni publicznych.

Uniwersytet Papieski Jana Pawła II w Krakowie (dawniej Papieska Akademia Teologiczna w Krakowie) przejął tradycje zasłużonego dla kultury narodu i Kościoła w Polsce Wydziału Teologicznego Jagiellońskiej Wszechnicy i kontynuuje to dziedzictwo wieków pod opieką świętego Jana z Kęt, świętej Jadwigi Królowej oraz świętego Józefa Sebastiana Pelczara.

Uniwersytet prowadzi swą działalność naukowo-dydaktyczną na sześciu wydziałach: Filozoficznym, Historii i Dziedzictwa Kulturowego, Nauk Społecznych, Teologicznym, Prawa Kanonicznego i zamiejscowym - Teologicznym Sekcja w Tarnowie.
Trzy wydziały uczelni posiadają Certyfikaty Jakości Kształcenia, dla kierunków: filozofia, historia, teologia wydane przez Konferencję Rektorów Uniwersytetów Polskich w uznaniu wysokiej jakości kształcenia. Wydziały Uniwersytetu posiadają prawo nadawania tytułów i stopni naukowych: licencjata, magistra, licencjata kościelnego (stopnia pośredniego między magistrem a doktorem), doktora i doktora habilitowanego.
Uczelnia należy do Międzynarodowej Federacji Uniwersytetów Katolickich (FIUC) i jej sekcji europejskiej (FUCE), Uniwersyteckiej Sieci Europejskich Stolic Kultury ((UNEECC), Konferencji Rektorów Uniwersytetów Polskich oraz Konferencji Rektorów Akademickich Szkół Polskich (KRASP).
Obecnie UPJPII liczy blisko 3500 studentów i 327 pracowników (w tym 221 naukowo-dydaktycznych).